هم ویروس و هم باکتری میکروارگانیسم‌هایی هستند که طبق استاندارد آژانس حفاظت از محیط زیست آمریکا نمی‌بایست از حد مجاز خود در آب آشامیدنی تجاوز کنند. ویروسها ریزترین نوع میکروارگانیسم‌ها هستند که می‌توانند باعث بیماری شوند علی‌الخصوص ویروس‌هایی که از بدن انسان یا حیوان دفع شده و در آب منتشر می‌شوند. باکتری‌ها نیز که عموماً میکروارگانیسم‌های تک سلولی هستند، می‌توانند عامل بیماری در انسانها، حیوانات و حتی گیاهان شوند.
انواع مختلفی از ویروسها و باکتری‌ها هستند که در آب تصفیه نشده یا آبی که بدرستی تصفیه نشده است وجود دارند. در اینجا به برخی از آنها اشاره می‌کنیم:
- لژیونلا (Legionella): باکتری‌هایی هستند که در طبیعت یافت شده و در آب (مخصوصاً آب گرم) نیز وجود دارند. این باکتری‌ها زمانی که در هوا منتشر شده و استنشاق شوند (بعنوان مثال در زمان باز بودن دوش حمام)، برای بدن ضرر داشته و می‌توانند باعث بیماری Legionnaires شود.
- انتروویروس (Enterovirus): ویروس‌های ریزی هستند که در روده حیوانات و انسانهایی که بیماری‌های خاصی دارند وجود داشته و در فضولات آنها یافت میشود. انتشار این ویروسها در آب و ورود مجدد آنها به بدن انسان می‌تواند باعث بیماری‌های گوناگونی شود.
ضمناً باید توجه داشت که گاهی وجود برخی باکتری و ویروسها علائمی از وجود یک مشکل در آب یا سیستم تصفیه آب هستند:
- کدر بودن آب، حتی اگر در ابتدا دارای ویروس و باکتری زیادی نباشد، می‌تواند محیطی را ایجاد کند که ضمن مقاومت در برابر ضدعفونی کامل، باعث رشد میکروب‌ها در طول زمان شده و ایجاد امراضی مانند سردرد، دل درد، حالت تهوع و اسهال و غیره نماید.
- باکتری کالیفرم (Califirm) بصورت عادی در طبیعت وجود دارد. اما میزان بیش از حد مجاز آن در آب نشاندهنده این است که امکان حضور سایر باکتری‌های خطرناک برای سلامتی در آب وجود دارد.
- وجود میکروب‌هایی که منبع آنها فضولات انسانی و حیوانی هستند، نشاندهنده مشکل تصفیه آب هستند. این میکروب‌ها می‌توانند باعث ایجاد مشکلاتی مانند دل درد، حالت تهوع، اسهال و سردرد شده و حتی برای کسانیکه سیستم ایمنی بدن آنها ضعیف است (مانند کودکان و یا سالمندان) ایجاد مشکلات بیشتری نماید.
